Целта на програмата за иновации в средното образование е създаване на мрежа от иновативни училища в България в съответствие със Закона за предучилищното и училищното образование и Наредба 9 за институциите в системата на предучилищното и училищното образование.
Иновативните училища са модел на модерното училище, в което учениците ще подобрят образователните резултати и ще повишат критичното мислене и творчество чрез иновативни образователни процеси, методи на преподаване, училищно лидерство и учебни програми. Иновативните елементи могат да бъдат в методиката на преподаване, организацията, учебната среда, качеството на образованието, учебното съдържание и/или в 10% от учебните планове и програми на образователен етап.